 La principale préoccupation environnementale concerne les émissions de gaz à effet de serre résultant de l'électricité utilisée dans le processus de production. Toutefois, l'utilisation de sources renouvelables telles que l'énergie éolienne et solaire peut résoudre ce problème. La production d'hydrogène peut également être associée à des technologies de captage et de stockage du carbone (CSC) afin de réduire davantage les émissions. La consommation d'eau associée à la production d'hydrogène est un autre sujet de préoccupation, en particulier dans les régions arides où l'eau est rare. Toutefois, des efforts de recherche et de développement sont en cours pour améliorer l'efficacité de l'utilisation de l'eau dans la production d'hydrogène.